Problem mit meinem Fahrtregler

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Zum einen eine Diode einfach vor dem großen ELKo (vor dem Spannungsregler) gepackt

Hm... hätte eigentlich auch aus meinen Schaltungsunterlagen, die ich Dir geschickt hatte, zu sehen sein müssen. 470uF habe ich bei meinem Regler als Puffer für die Prozessor- und Logikeinheit mittlerweile auch drin.

Aber: ich vermisse bei Deinen Power-FETs immer noch einen ganzen Block an fetten Elkos ! Pack da ruhig mal ein paar Millifarad drauf. Am Besten neben jeder Halbbrücke einen eigenen Elko, so dass der Leitungswiderstand auf der Platine zumindest im Einschaltmoment fast keine Rolle mehr spielt. Aus dem Bauch heraus würde ich da jedesmal mindestens 2200uF spendieren.
Faustformel bei den Elektronikern zum Glätten von Netzteil-spannungen: Pro entnommenen Ampere sollten 1000uF vorhanden sein. Ähnliches dürfte auch hier anzusetzen sein, auch wenn die PWM deutlich höher als 100Hz liegt.

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warum auch immer, die Spannung an der Masse auf ~1V steigt.

Ohne Dein Layout jetzt zu kennen, vermute ich, dass Du eine gemeinsame Masseleitung sowohl zur Versorgung der FETS (also mit vielen Amperes für die Motoren) und gleichzeitig als Betriebs-Masse für die Logik- und Prozessoreinheit hernimmst. Auf der Leiterbahn sind dann Spannungsabfälle zu beklagen, die Dir alles durcheinanderschütteln können.
Abhilfe: Du definierst Dir einen gemeinsamen Massepunkt (sinnvollerweise ist das in der Regel die Klemme oder der Lötpunkt, bei dem Masse vom Akku eingespeist wird) und von dort werden dann zwei getrennte "Massepfade" gelegt. Einer für die "Power-Teile" und eine für die Logikteile. Dann ist die Masse für die Logik relativ frei von Spannungsabfällen . (Außer die Akkuspannung kracht in den Keller. Aber das soll ja die fetten Elkos an den FETs verhindern....)

Kennst Du den Begriff "Angstkondensatoren" ? Das sind in der Regel kleine Kondensatoren mit 100nF , die direkt an den Logikgattern oder dem Prozessor mit rankommen. Die können dann kleine Spannungseinbrüche abfangen bzw. verhinder das "Versenden" von selbst produzierten Spannungsschwankungen. Solltest Du unbedingt direkt neben dem Prozessor mit anbringen.

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PS: Diesen 100nF Kondensator hab ich natürlich an der Versorgungsleitung schon dran, standard!

Ok... sehr gut. War ja nur ein Tipp unter Tüftlern.

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Also an dem Akku direkt. (auf dem "Motherboard" ist kein Platz mehr oO)

Ohje. Das wird dann leider relativ wenig bringen. Denn der Akku selbst stellt ja schon eine riesige Kapazität dar (ok,... er hat einen nicht vernachlässsigbaren Innenwiderstand). Aber eigentlich sollte mit dem zusätzlichen Elko der Innenwiderstand vom Akku, die Zuleitungen und vor allem die Widerstände und Induktivitäten der Leiterbahnen von der Platine kompensiert werden.

Schau mal, vielleicht kannst Du den Elko doch noch irgendwo unterbringen. Wenn ich das Foto mit den beiden Platinen ansehe, dann sehe ich da auf der Oberseite noch jede Menge "Luft". Macht ja nichts, wenn unter dem Elko noch etwas Vogelfutter eingelötet ist.